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按分离机理分为：
（1）强阳离子交换色谱柱
（2）强阴离子交换色谱柱
（3）弱阳离子交换色谱柱
（4）弱阴离子交换色谱柱
特点：此类柱子均能在pH2~8的水溶液及大多数的溶剂中稳定存在。
注：孔径为 300 nm和1 μm的色谱柱专为分离高分子蛋白质的分离及回收
（1）强阳离子交换柱
硅胶基质表面修饰键合有磺丙基的聚酰胺，pH值高于3就可以使该功能团离子化。
S-300, 粒径6~7 μm，孔径30 nm，是用于分离碱性蛋白质的一种不错的选择。
S-1000，粒径7 μm，孔径1 μm，这类柱子可被出色地应用于糖基化血红蛋白的快速分离
（2）弱阳离子交换柱
结构：硅胶基质表面修饰键合有羧甲基的聚酰胺
CM-300粒径6~7 μm，孔径30 nm，可用于分离分子量高达200,000 D的蛋白质，且具有较高的回收率，载样量较高
弱阳离子交换分析实例
（3）强阴离子交换柱
硅胶基质表面修饰键合有高密度季铵盐离子的聚乙烯亚胺，这种基质的离子化不受pH的影响。
Q-300，粒径6~7 μm，孔径30 nm，可被出色地应用于蛋白质和酶的快速分离。
Q-300弱阴离子交换分析实例
（4）弱阴离子交换柱
硅胶基质表面修饰交联的聚乙烯亚胺，pH值可以同时影响填料基质表面及流动相的离子化程度。
AX-300，粒径6~7 μm，孔径30 nm。这种AX-300色谱柱可用于分离分子量高达200,000 D的蛋白质，且具有较高的回收率，载样量较高。